食品工厂洁净车间的认证程序如下

1、业主委托特殊检查和认证单位进行食品工厂洁净室的认证工作。委托可以是一次性的，也可以是阶段性的，如一年期的委托合同，委托证明的内容、试验要求（包括时间间隔等）、试明报告的内容、要求的试验的时间安排、各方的责任（包括保密要求）等被*。

2、和仪器必须在规定的有效期内。

3、在认证检测前，洁净室各功能系统应达到稳定运行，业主应提供稳定运行的相关记录。

4、按照合同要求进行逐案检测，并做好详细记录。记录应清晰，并对测量情况或有关问题作出必要的说明。

5、编制认证报告，明确说明洁净室是否符合规定要求，以及各项综合参数的明确数据或计算结果。检测结果**过规定限值，表明洁净室不合格的，检测认证单位应提出分析意见和改进建议，业主或业主委托的相关单位应在改进和改进后重新认证。

6、食品工厂洁净室的每个认证或再认证，由检验和认证单位提供原始记录和综合性能证书报告。